בוויכוחים על אחוז החסימה נהוג להתרכז בפגיעה בייצוגיות של המפלגות הקטנות. הדעה הרווחת היא שהעלאת אחוז החסימה מועילה למפלגות הגדולות שכן היא מקטינה את "כוח הסחטנות" של המפלגות הקטנות. ההפך הוא הנכון. על כך מצביעים הממצאים האמפיריים וגם ניתוח מתמטי-הסתברותי של השפעת אחוז החסימה. יוצא דופן המקרה שבו העלאת אחוז חסימה גבוה מייצר מפלגה שיש לה רוב מושבים למרות שרוב הבוחרים לא תמכו בה. מקרה כזה אינו רלוונטי לישראל.
לצורך הבהרת העניין הבה נתרכז בדוגמה ובדוגמה נגדית:
● אחת המפלגות זוכה ב-59 מושבים, מפלגה אחרת זוכה ב-51 מושבים ומפלגה שלישית זוכה ב-10 מושבים. לכל המפלגות עוצמה שווה בעת הרכבת הקואליציה כי כל שתי מפלגות יכולות ליצור קואליציה בעלת רוב. אם "חלוקת השלל" היא יחסית לגודל המפלגות, תיוותר המפלגה הגדולה באופוזיציה כי חלקן של שתי המפלגות האחרות יהיה גדול יותר בחלוקה "השלל" ביניהן.
● אחת המפלגות זוכה ב-59 מושבים, מפלגה אחרת זוכה ב-51 מושבים ועשרת המושבים הנותרים מתחלקים בין חמש מפלגות שלכל אחת מהן שני מושבים. במקרה זה יש יתרון גדול למפלגה הגדולה כי די לה בשותפות של אחת המפלגות האחרות כדי להרכיב קואליציה. המפלגה השנייה בגודלה חייבת לשתף פעולה עם כל חמש המפלגות הקטנות אם ברצונה לדחוק את המפלגה הגדולה לאופוזיציה.
הדוגמאות הללו הובאו לידיעת ועדת חוקה חוק ומשפט של הכנסת בעת הדיונים על העלאת אחוז החסימה. אחד מחברי ישראל ביתנו אמר אז: "לא אכפת לי לפגוע גם במפלגות הקטנות וגם במפלגות הגדולות. העיקר שהמפלגות הבינוניות יתחזקו". זה אכן מה שקרה, ולכך הייתה השפעה רבה על יצירת המבוי הסתום והבחירות החוזרות ונשנות מאז 2019.
בעת הדיונים עמדה גרמניה לפני מערכת הבחירות של 2013. טענתי אז שאנגלה מרקל תזכה בניצחון אלקטוראלי אך תתקשה בהרכבת הקואליציה מסיבות הקשורות באחוז החסימה. מפלגתה של מרקל אכן הגדילה את כוחה באורח משמעותי אך לא זכתה ברוב. הליברלים, שהיו שותפיה הטבעיים של מרקל, התקרבו לאחוז החסימה (5%) אך לא עברו אותו ומרקל נאלצה להקים קואליציה עם אויביה המרים – הסוציאל-דמוקרטים.
הנסיבות שהובילו לעליית היטלר ומוסוליני הן מצמררות, אך נדירות
טענה שכיחה אך מופרכת היא שאחוז חסימה נמוך מביא לריבוי מפלגות שמסכן את יציבות הדמוקרטיה. הטענה הזאת, מסתמכת בין השאר על הפיצול בגרמניה שהסתיים בעליית היטלר ועל הפיצול באיטליה שהסתיים בעליית מוסוליני. דוגמאות מצמררות אך יוצאות דופן. רעייתי, ד"ר חנה דיסקין, הציעה לבדוק את כל ההסברים לנפילת משטרים דמוקרטיים במאה ה-20. במחקר, שאליו הצטרף פרופ' ראובן חזן, השווינו 30 דמוקרטיות שקרסו ל-32 דמוקרטיות יציבות. התברר שאחוז חסימה נמוך אכן מתואם עם ריבוי מפלגות. אך מספר המפלגות הממוצע בדמוקרטיות היציבות גדול באורח מובהק ממספרן הממוצע בדמוקרטיות שקרסו. קיימים כמובן יוצאים מהכלל.
בעיה אחרת הקשורה באחוז החסימה היא העובדה שמדי מערכת בחירות אנו עדים לקולות כשרים רבים היורדים לטמיון. בבחירות 2013 למשל "בוזבזו" קולות כשרים השקולים לתשעה מושבים בכנסת. לעיתים יש בקולות הללו כדי להכריע את גורל המערכת הפוליטית. ב-1992 זכה "גוש הימין" ברוב הקולות אך "גוש השמאל" זכה ברוב המושבים (61). גם בבחירות 2021 הייתה אפשרות סבירה לעיוות כזה בעיקר לרעת "גוש השינוי".
לנוכח כל האמור, הדיון באחוז החסימה צריך להתייחס גם לאפשרויות הבאות:
1. הסכם עודפים יכול שייחתם בין יותר משתי מפלגות.
2. קולות שיינתנו לרשימות שלא יעברו את אחוז החסימה יועברו לרשימות בברית העודפים שעברו את אחוז החסימה.
השינויים הללו קריטיים ביותר במקרה של אחוז חסימה גבוה.