ב-2005 הוקם במיוחד עבור שמעון פרס "משרד המשנה לראש הממשלה", מעין תואר כבוד חלול לשר בלי תיק, שפרס הפעלתן יצק לתוכו תוכן במקביל לשינוי שמו ל"משרד לפיתוח הנגב והגליל". אמנם ההחלטה על הקמת המשרד היתה פוליטית, אך היא היוותה בזמנו פתח לתיקון עוול היסטורי מתמשך של הזנחת הפריפריה. הדאגה הייחודית למצבן הכלכלי של אוכלוסיות מרוחקות, לצד ההכרה בחשיבות האסטרטגית העצומה של ההתיישבות בספר, הוכרזו כמשימה לאומית.
באחרונה הגדירה הממשלה "פריפריה חברתית" והוסיפה אותה לתחומי האחריות של המשרד, המכונה כעת "המשרד לפיתוח הפריפריה, הנגב והגליל" (כאילו הנגב והגליל אינם בפריפריה). למהלך זה שתי השפעות ישירות: הראשונה היא הטלת המשרד לתוך קלחת הרשויות העוסקות בפיתוח כלכלי, מניעת וטיפול בעוני והתמודדות עם שכונות מצוקה, עם פגיעה צפויה בעקביות ובמקצועיות בטיפול בנושאים חשובים אלה. השנייה היא החלשת יכולת המשרד לעסוק בנושאי הליבה הקודמים שלו, וכמשתמע מכך המשך ההזנחה של אזורי הספר.
ההחלטה קובעת כי מלבד האזורים שהוגדרו בהחלטות קודמות כ"נגב" ו"גליל", יעסוק המשרד גם בכלל היישובים במדינה בעלי מדד חברתי־כלכלי נמוך (אשכולות 1–4). בנוסף, נכנסו תחת אחריות המשרד גם השכונות הכלולות בפרויקט שיקום שכונות. כל האמור ייעשה ללא כל שינוי תקציבי: תחומי הפעילות והאוכלוסייה המטופלת על ידי המשרד יגדלו, אך תקציבו לא ישתנה.
ההחלטה הנוכחית מסמיכה את המשרד ה"משודרג" לעסוק בתחומים שבהם עוסקים במקביל כמה משרדי ממשלה אחרים. מדיניות הרווחה הלאומית מרוכזת במשרד הרווחה, מדיניות הפיתוח הכלכלי במשרד הכלכלה, פרויקט שיקום שכונות נמצא בסמכות משרד השיכון, משרד החינוך אחראי על החינוך הפורמלי והבלתי־פורמלי ומשרד הפנים אחראי על הרשויות המקומיות ויכולת לדאוג לרווחת תושביהן.
בכל אחד מהתחומים הנזכרים לעיל נדרשת מדיניות לאומית מערכתית כוללת שתותווה ותנווט ממוקד אחד. הכנסת משרד הפריפריה לתוך מגוון התחומים המדוברים תפגע במשילות וביכולת לבצע מדיניות, שכן משרד זה יהווה גורם משבש ומבלבל. במקביל, ההחלטה לא כוללת גריעת סמכויות או העברת תקציבים ממשרדים אחרים, ולכן יוצרת כפלי סמכויות ותחומי פעילות.
ההחלטה לא צפויה להועיל הרבה ליעד החדש של המשרד. לצד זאת, היא צפויה לפגוע מאוד ביעדיו המקוריים. מטרתו המקורית של המשרד הביאה בחשבון לראשונה את הממד הגיאוגרפי בבחינת הטיפול הממשלתי במשקי בית ועסקים, מכיוון שלמרחק מהמרכז השפעה מכרעת על מיקום עסקים, ולכן על היצע התעסוקה ורמת החיים. מבחינה זו ברור שאין דין עיירות הפיתוח הפריפריאליות כדין שכונות המצוקה בערים המבוססות במרכז, גם אם מצבן החברתי־כלכלי דומה. תושבי אזורי הספר אינם נהנים מאותן הזדמנויות כמו תושבי המרכז, גם אם אזור המגורים שלהם מדורג באותו האשכול על ידי הלשכה המרכזית לסטטיסטיקה. במקביל המדינה ביקשה לרכז את הפיתוח של אזורים אלה תחת גג אחד, בשל החשיבות האסטרטגית שלהם כאזורי ספר, אך יעד זה נראה כנמחק או מטושטש על ידי המיתוג מחדש של המשרד.
כבר קרה בעבר שתחומי אחריות ממשלתיים פוזרו בין יותר מדי גופים – עיינו ערך ההסברה הישראלית בעולם – והתוצאות היו בלבול, בזבוז, חוסר אחריות והישגים עלובים. לפריפריה – הגיאוגרפית והחברתית כאחת – מגיע יותר. טוב תעשה הממשלה אם היא תאפשר למשרד לפיתוח הנגב והגליל להתרכז בפיתוחם של אזורים אסטרטגיים אלה ובהתיישבות בהם, ותאפשר ליתר משרדי הממשלה להמשיך בטיפול המקצועי והעקבי באזורי המצוקה ביתר המדינה.
