דו"ח "חציית הסף" של ארגון HRW מהווה בעצמו חציית סף של הארגון מדיון מחקרי בעובדות אל עבר הפצת כזבים ותעמולה אנטישמית. על אף אורכו, ה"דו"ח" של HRW הוא מסמך מלא בעיוותים ואמירות שאינן מחוברות למציאות. בדו"ח טוען הארגון כי ישראל מפעילה משטר אפרטהייד ועברה על פשעים כנגד האנושות נגד הפלסטינים – אל מחוזות אלו אפילו יו"ר הרשות הפלסטיני אבו-מאזן ובית המשפט הבינלאומי בהאג טרם הרחיקו. מלבד ביזוי הסבל שעברו הדרום-אפריקאים, בניסיונו להכפיש את ישראל הארגון גם מעוות את המשפט הבינלאומי ומנסה להשתמש בו בצורה צינית כנשק כנגד ישראל.
- עצם ההאשמה באפרטהייד היא אנטישמית: האשמת ישראל באפרטהייד היא למעשה השלכת פשע נורא ונתעב על מדינת ישראל, תוך שימוש בקריטריונים שונים ומעוותים שאינם חלים כלפי שום מדינה אחרת בעולם אך בשל היותה המדינה היהודית. המטרה בהאשמה זו היא דה-לגיטימציה מוחלטת למדינה שהרי משטר שעושה פשע נורא כמו אפרטהייד דינו לפירוק (כפי שנעשה בדרום אפריקה) ולא רפורמה ותיקון.
- הדו"ח עצמו לוקה בגזענות כלפי ערבים: הארגון מזהה כל אזרח בין הים לירדן למעט יהודים כפלסטיני. כך, כדי להגדיל בצורה מלאכותית את מספר הפלסטינים באזור, מזוהים דרוזים, בדואים, צ'רקסים וערביי ישראל כפלסטינים.
- המשמעות של אפרטהייד היא הפרדה גזעית: המאפיין המרכזי של האפרטהייד היה מערכת של חוקים ותקנות שאכפו הפרדה המבוססת על חלוקה לגזעים. ההפרדה הייתה במדרכות, אוטובוסים, חנויות, מקומות עבודה, חופי ים, משרדי ממשלה או כמעט כל מקום אחר. בישראל אין מערכת חוקית שיוצרת אפליה גזעית להלכה או למעשה. גם הפרדה על בסיס לאום לא מתקיימת בישראל, וכל אזרחיה שווים בפני החוק וחיים יחדיו. משטר האפרטהייד אף שלל זכויות פוליטיות משחורים, בעוד שבישראל לכל האזרחים ישנה זכות הצבעה ואזרחים ערביים מכהנים כחברי כנסת. בנוסף, בהתאם להסכמי אוסלו הפלסטינים בגדה ובעזה חיים תחת ממשל עצמי הנהנה מלגיטימציה בינלאומית כמייצג את האוכלוסייה הפלסטינית המקומית.
- טענה נוספת של הארגון מתייחסת לחוק יסוד: הלאום וכוונות הסיפוח: חוק יסוד: הלאום הוא בעיקרו הצהרתי ומקנה אופי לאומי למדינה בדומה למדינות לאום אירופיות רבות. חוק היסוד אינו יוצר אפליה לרעה של אזרחים לא יהודים. אין כל קשר בין סיפוח ובין פשע האפרטהייד. כך או כך סיפוח שכזה לא התרחש, לכן תמוה שטענות הדו"ח לא מבוסס על מעשים או עובדות שהתרחשו אלא על כוונות גרידא המיוחסות לישראל על ידי מחברי הדו"ח. החלת החוק הישראלי על יהודה ושומרון גם היא אינה מהווה פשע – ניסיון העבר מלמד שישראל החלה את חוקיה על כלל האזרחים באופן שווה ללא הבחנה בין יהודים לערבים.
- הדו"ח כתוב משל היינו תחת מציאות אלטרנטיבית שבה לא קיימים הרשות הפלסטינית בגדה ושלטון החמאס בעזה: הדו"ח מתייחס לישראל כאילו היא שולטת על כל פרט קטן בחיי הפלסטינים בגדה ובעזה, כאילו אין להם כלל שלטון עצמי שמנהל את חייהם.
- בתקופת האפרטהייד גורשו השחורים לאזורי ספר שכונו אזורי הבנטו והוקנה להם בניגוד לרצונם מעמד של שלטון עצמי לכאורה. HRW מנסים לטעון שהסכמי אוסלו –שבגינם כמה אנשים קיבלו פרסי נובל – ושהקימו את הממשל העצמי הפלסטיני בגדה ובעזה על בסיס דרישתם של הפלסטינים למעשה שקולים לאותו מהלך של הקמת אזורי הבנטו והפשטתם של השחורים מזכויות פוליטיות בדרום אפריקה.
- על אף אורכו של הדו"ח הוא לחלוטין מתעלם מהטרור הפלסטיני וממדיניותו של הממשל העצמי שלהם. למעשה דווקא בין הרשות הפלסטינית ובין האפרטהייד קיים דמיון. כך למשל הרשות משלמת תגמולים נדיבים מאד לרוצחי יהודים ומענישה באופן כבד פלסטינים שמוכרים קרקעות ליהודים. כמו כן, ישראל מואשמת שבעצם האיסור שהחילה כלפי הפלסטינים בגדה על חברות בארגוני טרור, היא למעשה הגבילה את זכותם הבסיסית להתאגדות חופשית.
- הדו"ח קובע שחלק מהאפרטהייד של ישראל כלפי הפלסטינים בא לידי ביטוי בהיעדר קבלה של הדרישה הפלסטינית ל"זכות השיבה" ופתיחת שערי המדינה בפני מיליוני אנשים (חלקם חיים במדינות אויב כמו סוריה ולבנון) שרובם המכריע מעולם לא דרך בישראל.
- הדו"ח אף טוען כי בתחומי ישראל חלים חוקים שמאפשרים ליהודים לא לקבל תושבים ערבים לישובים שלהם: על פי פסיקת בית המשפט העליון בבג"ץ קעאדן (2000) ואביטן (1988) ישובים יהודים לא יכולים למנוע תושבות על בסיס לאום מערבים, בעוד שישובים ערבים יכולים למנוע תושבות מיהודים.
